Establecida canónicamente en la Parroquia de San Miguel Arcángel de Marchena. Sus primeros cofrades tenían una fuerte relación con las labores agrícolas. A pesar de ser una hermandad joven, es posible que se trate de la refundación de una cofradía que debió quedar extinta en algún momento de la historia, desconociéndose documentación y constituciones primitivas hasta la fecha. Las pruebas más evidente podemos encontrarlas en una inscripción grabada en el siglo XIX en la campana más grande de la torre de la iglesia: “a expensas de los devotos de San Miguel y San Isidro Labrador” y la existencia del contrato original de realización de la talla del Santo titular en el Archivo de Protocolos Notariales de Marchena, formalizado por cuenta de D. Luis Ponce de Rueda, a favor del autor de la talla, D. Juan del Castillo, en el año 1711.

El 15 de mayo de 1.980, tras la misa que tradicionalmente se venía haciendo en honor a San Isidro, Patrón de los Labradores y Ganaderos en España desde 1.960, y siguiendo las recomendaciones del director espiritual, Fray Tomás Javier Gago, se constituyó la Asociación del Bienaventurado San Isidro Labrador de Marchena

Así, un grupo de amigos comenzaron un largo camino, o al menos eso esperaban, siempre dirigidos por el querido párroco de San Miguel, que desde un principio tuvo como objetivo constituirse en Hermandad de Gloria, ímpetu que muy sabiamente frenaba el padre Javier, hasta no ver cómo marchaba ese grupo de agricultores a lo que veía con muy buen espíritu cristiano.

Fueron pasando los años y este grupo de amigos, cada vez se hizo un grupo más cohesionado, del mismo modo que nuestro Patrón, que con el paso de los siglos se fue haciendo más querido. Cuando el grupo alcanzó los 23 años de edad, allá por el año 2.004, consiguió colocarse en la línea de salida del objetivo que se había marcado en 1.980, pasó de ser una Asociación a ser una Hermandad de Marchena.  

De esta forma, el 11 de junio de 2004 su Eminencia Reverendísima Carlos Amigo Vallejo, cardenal emérito Sevilla, emitió un decreto por el cual aprobaba las Reglas de la Hermandad del Bienaventurado San Isidro Labrador de Marchena.  

De la unanimidad de los hermanos de San Isidro nació la única lista que se presentó para constituir la primera Junta de Gobierno de la Hermandad en las elecciones que se celebraron en julio de 2.005, la cual fue elegida con una amplia participación. Dicha Junta de Gobierno presidida por D. Ramón Segovia Sevillano como hermano mayor, que ya lo había sido de la junta anterior, como asimismo Presidente en los últimos 20 años.